Bem, daquilo que me lembro, o ter a imagem diferente, tem a ver com o tipo de ficheiro que é gravado no DSS e que posteriormente se vai utilizar no Photoshop.
Normalmente o DSS grava em ficheiro TIFF de 32 bit; por isso, tens que verificar se a versão do photoshop que tens, suporta ficheiros TIFF 32 bit; caso não suporte 32 bit, e só seja possível utilizar 16 bit no photoshop, podes sempre tentar gravar o ficheiro em 16 bit no DSS .
Durante o processamento do stacking, no DSS, há uma altura em que aparece uma mensagem "save picture to file" , e é nessa altura que gravas no formato desejado para posterior processamento no photoshop.
Podes também efectuar processamentos no DSS, e gravar esses ajustes na imagem e posteriormente gravá-la dessa forma, para depois usar no photoshop, usando a opção"apply settings to saved picture"; no entanto, o próprio criador do programa DSS diz que, o processamento no DSS serve mais como um "preview" do que poderemos ter na imagem; ele aconselha a utilizar sempre o pós processamento da imagem com outro programa, seja o photoshop, seja qualquer outro.